В 2006 году группа выпускает свой третий альбом под названием "Phobia" и начинает пробираться на вершины чартов.
Летом этого же года группа выпускает в свет первый сингл с нового альбома - "The Diary of Jane". Сингл вошёл в 10-ку лучших песен в категории модерн-рок по версии Billboard за 2007 год.
Позднее, весной 2007 года выходит второй сингл - Breath.
Осенью того же года выходит третий, последний сингл альбома - Until the End. Сингл, в отличие от двух предыдущих, вышел без клипа, и, как и Breath, не сумел побить успех The Diary of Jane.
В феврале 2007 года выступление группы на Stabler Arena (город Бетлехем, Пенсильвания) было записано и вышло в продажу на DVD под названием Live - The Homecoming, общей длительностью 1 час. Это первый концерт Breaking Benjamin, официально вышедший на DVD.
Тексты песен из этого альбома:
- 1.Intro★☐☑
- 2.The Diary Of Jane★★★★★☑☑
- 3.Breath★★★★☑☑
- 4.You★★★☐☑
- 5.Evil Angel★★★☑☑
- 6.Until The End☐☑
- 7.Topless☐☑
- 8.Here We Are★★☐☑
- 9.Unknown Soldier★★☑☑
- 10.Had Enough★★☑☑
- 11.You Fight Me★★☑☑
- 12.Outro★☐☑